位於大殿的總壇，是統攝水陸道場的精神樞紐，大眾依《大悲心水陸法會儀軌》行禮如儀，並禮《慈悲三昧水懺》，誦《梵網經．心地品》，聽總壇概說。整場佛事，上則恭敬奉供四聖，下則平等普度六凡，祈求現世親屬吉祥安樂，先靈亡眷往生淨土。集祈福、薦亡、財施、法施於一爐，功德殊勝。

大壇主要禮拜《梁皇寶懺》、齋天、普佛，藉由懇切懺悔、皈依、發願、迴向，對鬼道眾生施食普度，祝願一切眾生皆能親聞佛法，解脫生死輪迴，究竟成佛，超度功德廣大無邊，乃最慈悲、徹底的救度，彰顯水陸法會的核心意義。

禪壇修持方式以禪修為主，以木魚領眾恭誦《六祖壇經》，於禪堂內實際練習禪觀、禪坐、經行、立禪及法鼓八式動禪。《六祖壇經》為禪宗六祖惠能大師所說，闡明「明心」就是無煩惱的清淨心，「見性」即是見到與佛無二無別的本性，強調生活即修行，只要當下於法不執著，便與佛相應。

楞嚴壇恭誦《大佛頂首楞嚴經》、持誦〈楞嚴咒〉及《心經》，每日有一炷香，修行觀音菩薩耳根圓通法門「入流亡所」禪觀。《大佛頂首楞嚴經》文字優美，陳義深妙，發揮如來藏思想的信仰，內容極廣，禪、淨、律、密，無不周備，共有二十五種圓通法門，各人專修特定法門，都能一門深入而門門深入。

位於祈願觀音殿的祈願壇，為法鼓山獨有壇位，一九八九年，聖嚴法師帶領四眾弟子誦持二十一遍〈大悲咒〉，因觀音菩薩感應覓得法鼓山之地，感念開山因緣設立祈願壇，內容以修觀音法門為主，恭誦《觀世音菩薩普門品》，禮拜《大悲懺》及持誦〈大悲咒〉，祈願消災免厄，更提起學觀音、做觀音的菩薩心行。

地藏壇主要恭誦《地藏菩薩本願經》、禮拜《地藏懺》、法師說法。《地藏菩薩本願經》為大眾熟悉的地藏法門經典，闡明地藏菩薩救度眾生的悲心和本誓願力。地藏法門，源於地藏菩薩為救拔母親而來，想報答親恩者，最適合修地藏法門，將功德迴向父母，而發心修行者，更可學地藏菩薩發大悲願，利己度眾。

藥師壇以恭誦《藥師琉璃光如來本願功德經》為主，每日並持誦〈藥師咒〉及藥師如來聖號。《藥師經》提到讀誦此經，受持藥師如來名號，可得消災除難、福壽康寧、所求如意等現世利益，也可得轉生善道、往生西方淨土的後世利益。

淨土壇內容有恭誦《阿彌陀經》、念佛、拜佛等，以及聆聽淨土修行方法的開示。淨土，是大乘佛教的共同目標，尤其是彌陀淨土，聖嚴法師鼓勵大眾，虔誠修行持名念佛法門，不但能使我們臨命終時，決定往生佛國，現世之中也能提昇人品，消業除障，自利利人。

由閱經法師帶領，華嚴壇以靜閱方式，恭閱八十卷《大方廣佛華嚴經》，在水陸壇場中，顯得格外寧靜。《華嚴經》為佛陀成道後，第一次所說之法，描述諸佛菩薩所證的圓融無礙境界，重重無盡的法界觀，一即一切，一切即一，令修行者心量益發廣大，度眾生的菩提心益形堅固。

法華壇恭誦《大乘妙法蓮華經》，每天皆有法師說法，法會期間，大眾並前往法華鐘樓，繞行法華鐘。《法華經》為漢傳佛教及大乘佛法中，最重要的一部經典，所有佛陀說的道理，皆包含其中，像大海納百川一樣，會三乘歸一乘。肯定一切眾生皆能成佛的思想，充分體現佛陀化世的本懷。

每位義工，皆是發心奉獻的萬行菩薩，凡義工所在之處，即是萬行壇場。

超薦祝禱先亡眷屬，祝福親友及世界消災解厄，所有善念皆迴向，功德無邊際。

敬備種種齋食，藉由與會大眾懇切懺悔、皈依、發願、迴向之心力，仰仗諸佛菩薩願力，平等普施六道群靈，令得甘露法味，脫離苦趣。

頂禮恭送諸佛菩薩，引領眾生往生淨土，水陸勝會，圓滿成就。